В 1996 году благотворительное общество Германии «LOGOS International» (сегодня - Фонд «Детский Ковчег» Германия), узнав из средств массовой информации о проблемах беспризорности в России, приняло решение построить детский дом для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей. Работа началась с раздачи чая и горячей еды беспризорникам на станциях метро.

В 1997 году Общественная организация «Санкт-Петербургское отделение общества LOGOS International» (сегодня - Фонд «Детский Ковчег», Германия) выкупила объект незавершенного строительства и построила самый большой негосударственный детский дом в г. Санкт–Петербурге. Сотрудник «LOGOS International» (сегодня Фонд «Детский Ковчег», Германия) Виктор Бланк был назначен руководителем проекта. Более 500 добровольцев-помощников из разных стран участвовали в строительстве дома. В ноябре 1998 года состоялось открытие детского дома, которому уже придумали название.

«Детский Ковчег» принял своих первых детей.

За четырнадцать лет успешной работы более 300 детей прошли реабилитацию. Все эти годы ведется работа сопровождения выпускников «Детского Ковчега». Общее количество детей, находящихся под стационарной опекой социального приюта «Детский Ковчег» в 2012 году – 60 детей. По программе «Приют» – 51 ребенок, по программе «Семейная группа» – 9. За этот год приют выпустил четырех и принял девять новых детей.